El artículo profundiza sobre los retos a los que se enfrenta el sistema de gobernanza universitaria en España centrándose en tres aspectos básicos: la Autonomía institucional, la Participación en el gobierno y la Rendición de cuentas. El análisis considera aspectos documentales y un estudio de campo con veintitrés entrevistas.La autonomía se relaciona con la capacidad para tomar y desarrollar las propias decisiones, planteando los problemas ligados a su extensión, desarrollo y control, sin obviar las contradicciones existentes entre la autonomía institucional y la autonomía personal. La participación enlaza con la tradición y se refuerza con el desarrollo democrático de las sociedades, si bien plantea los dilemas de representatividad-rapidez y de número de participantes-responsables en la toma de decisiones. Por último, los retos de la rendición de cuentas tienen que ver con el establecimiento de indicadores y los efectos de la misma.